Die Leitung des Krankenhauses obliegt alleinverantwortlich dem Geschäftsführer der Leopoldina-Krankenhaus GmbH. Er vertritt das Krankenhaus uneingeschränkt gegenüber Dritten und dem Gesellschafter, der Stadt Schweinfurt. Unterstützt wird der Geschäftsführer vom Ärztlichen Direktor, der Pflegedirektion sowie dem Kaufmännischen Leiter.
Je nach Fragestellung wirken weitere gewählte Vertreter oder Gremien beratend an Entscheidungen der Krankenhausleitung mit. Dies sind insbesondere: